De fyllda sopcontainrarna kommer att hämtas före den 15 juni i år av ett privat rederi, enligt landets miljöminister Catherine McKenna.
Sopkriget har pågått ända sedan 2013 då ett kanadensiskt företag sumpat soporna på önationen med avsikten att återvinna dem. Men inget har hänt sex år senare. Sopporna har varken återvunnits eller fraktats bort.
Förra veckan tog den tidsfrist som företaget fått slut. Filippinerna hade fått nog och landets president Rodrigo Duerte hotade med att dumpa soporna i havet utanför Kanadas kust.
Det kanadensiska beskedet kan innebära slutet på sopkriget.